北大团队提出 isCORAL，仅凭转录组快照实现虚拟谱系示踪
arjunrajlab · x · 2026-10-22
北京大学 Yongjie Lin 与 Yihan Lin 团队在 bioRxiv 发布预印本，提出 in silico 谱系示踪框架 isCORAL：不依赖实验性 lineage tracing，仅从单细胞或空间转录组快照重建细胞克隆关系。
- 核心思路：利用跨细胞分裂仍可遗传的「记忆基因」表达差异，推断概率化克隆关系，进而构建克隆导向的嵌入与动态细胞命运图谱。
- 效果：在多个 lineage tracing 数据集上，记忆基因识别与谱系重建均显著优于已有方法。
- 应用：解析造血干细胞中转录组相似群体间的早期命运偏向；在小鼠肿瘤中与实验记录的谱系树对照验证；并推断人类胚胎早期上胚层与羊膜动态。
作者称这意味着 lineage tracing 实验可在特定时间尺度上「虚拟化」，从而以更低成本增强细胞命运推断。
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