seqlet 调用器提速 22 倍：16.7 万 loci 从 7.8 秒降到 0.35 秒
jmschreiber91 · x · 2026-10-21
作者 jmschreiber91 宣布其 seqlet caller（基因组归因分析工具链）的重要升级：
- 核心函数 extractloci：处理 167,750 个 loci、单条 track 的耗时从 7.8s 降至 0.35s，输入完全相同，提速约 22 倍
- 二核苷酸洗牌：64 条序列从 17.1ms 降至 2.9ms
- DeepLIFT 参考生成：从 117ms 降至 27ms
- 新增功能：可传入一组对照归因（control attributions），在给定 FDR 阈值下自动估计实际使用的阈值，在归因信号噪声大的场景更有帮助，信号干净时影响不大
@eugmattei 与 @AlMurphy 也通过 DeepLIFT 相关的 issue 报告和 PR 做出了贡献。
所属事件:AI 自动优化基因组分析代码，核心函数提速 22 倍(3 条相关)→
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