Arc Institute 发布 Bolero:仅凭 DNA 序列预测特定细胞状态的基因调控
anshulkundaje · x · 2026-10-21
Arc Institute 发布预印本论文 Bolero,一个以细胞状态为条件的 sequence-to-function 模型,仅从 DNA 序列即可预测特定细胞状态的染色质可及性与转录丰度。
- 填补空白:现有模型要么读序列但把细胞状态当固定标签,要么表示细胞状态却不含序列;Bolero 以 atlas 级细胞状态嵌入和额外生物学变量为条件参数。
- 训练规模:6 种哺乳动物、33 个数据集、1070 万个细胞;成绩匹敌或超越专门的专用模型,能分辨皮层区域与发育梯度等相近细胞状态的调控差异。
- 外推与变异解读:细胞状态嵌入可外推到训练外的状态;条件化机制支持将非编码变异追踪到其作用的细胞类型;用 AP-1 活性作为连续条件轴,无需真实刺激数据即可预测活性调控的染色质变化。
- 跨物种:预测了训练集外物种的细胞类型特异染色质可及性;在 84 种哺乳动物中发现预测的 AP-1 响应保守性低于顺式调控元件的染色质可及性,由人类特异序列变异驱动。
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