STalign 移植 C++ 后提速千倍，空间转录组比对从数小时到数秒

anshulkundaje · x · 2026-10-20

JEFworks 团队宣布，在计算生物学家 Kamil Slowikowski 协助下，空间转录组学工具 STalign 与 STcompare 已移植到 C++，大规模空间转录组比对与比较从原来的数小时缩短到数秒。

• 附图展示 STcompare 输出示例：对两个切片样本（各约 1200 细胞、273 共享像素）做基因表达对比，输出相似度分类（53% 相似、27% 在 A 更高、20% 在 B 更高）与匹配像素相关性检验（r=-0.947，10,000 次置换检验，adjusted p=1e-04）。
• 工具已开放试用，可服务于免疫学、肿瘤等空间组学研究中的切片对齐与差异比较。

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