Tangermeme 支持在打包序列上直接运算,内存从 3.8GB 降至 755MB
jmschreiber91 · x · 2026-10-20
作者介绍 tangermeme 的新能力:可以直接在打包序列(packed sequences)上做替换、shuffle 等 ersatz 操作,而不是先解码成 one-hot 再处理。
实测对 1 万个窗口做 20 倍 shuffle,耗时从 0.619s 降到 0.130s,峰值内存从 3,854MB 降到 755MB。loci 可以直接从磁盘读入打包序列传给 predict、deepliftshap 等函数,每个 batch 再解码回标准 one-hot,从而把总内存占用压到很低。
所属事件:tangermeme 推出 PackedSequence：2bit 打包让基因序列内存省16倍(6 条相关)→
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