为加速 DeepLIFT/SHAP,作者重写双核苷酸 shuffle 避免内存爆炸
jmschreiber91 · x · 2026-10-20
作者在加速 DeepLIFT/SHAP 实现时遇到瓶颈:对每个输入独立做双核苷酸 shuffle 很慢,而把全部序列(预期 10 万条、每条 20 倍 shuffle)一起打乱又会导致惊人的内存膨胀。
解决方案是直接在打包序列上运算——tangermeme 的函数现在支持对打包序列直接执行 ersatz 操作,让 shuffle 这类变换不再需要先展开成巨大张量。
所属事件:tangermeme 推出 PackedSequence：2bit 打包让基因序列内存省16倍(6 条相关)→
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