密歇根大学 Kozik 实验室用 SeqHub 攻克呼吸道微生物组注释难题
anshulkundaje · x · 2026-10-16
SeqHub 发布案例研究，介绍密歇根大学 Kozik 实验室如何用它研究特征不明的呼吸道微生物组。该实验室从患者样本培养细菌全基因组，经常遇到参考数据库中缺乏记录的「假想蛋白」。
改造前的痛点：依赖 BLAST 做同源搜索但注释质量不稳定；定位基因 genomic 位置和获取基因邻域需多步操作；结构分析还要另学 PyMOL 和 AlphaFold 命令行，对湿实验为主的混合团队门槛很高。
SeqHub 带来的具体用例：
- 发现其他工具没 surfaced 的消毒剂抗性基因周围的转座子与结构域
- 通过 PPI 网络视图识别候选基因
- 将 HMM 结构域搜索与跨物种基因组背景叠加，厘清参与甾体代谢的基因
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