Nature Genetics 论文：常染色质并非均匀开放，实为表面带活性区的致密结构域
anshulkundaje · x · 2026-10-15
MIT 团队（Joseph Paggi、Lawrence Long、Bin Zhang）在 Nature Genetics 发表论文，用核小体分辨率建模挑战「常染色质均匀开放」的经典认知。
方法要点：
- 基于 region-capture micro-C 接触图，构建模拟框架推断兆碱级尺度区域的构象系综，达核小体分辨率；关键是一个能识别接触密度变异的 micro-C 平衡策略。
- 模拟结果复现了染色质示踪测得的成对距离分布，并呈现成像研究观察到的 packing domains 和 nucleosome clutches。
核心发现：常染色质通常形成致密结构域，密度与异染色质相当但尺寸更小；千碱基级的启动子和增强子等活性调控区位于结构域表面、相对可及。这重新界定转录调控的结构基础。
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