zPocket 开源发布:共折叠特征将口袋预测 AUPRC 提至 0.745
LotfiSanae · x · 2026-10-15
Nate Gruver 等人发布 zPocket，一个基于共折叠模型冻结特征的蛋白-配体结合口袋预测工具，性能接近闭源的 IsoDDE 和 AnewDDE，且使用 ESMFold2 时完全可复现、开源。
论文同时发布 PocketWatch 基准——按序列相似性、结构相似性和隐蔽性分层的 1,275 个测试蛋白，解决现有基准落在共折叠模型训练分布内的问题。最佳 zPocket 模型总体 per-target AUPRC 达 0.745，显著超过重训后的 VN-EGNN (0.598) 和 UniSite-1D (0.595)，约为广泛使用的 P2Rank (0.477) 的 1.5 倍；还可对其他模型提出的候选口袋中心做重打分提升召回。论文：arxiv.org/abs/2610.17696
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