TF-MoDISco 自动优化提速 5-15 倍:50 万 seqlet 基准从 1745 秒降到 119 秒

jmschreiber91 · x · 2026-10-14

作者用 auto-optimize 工具(UMass Chan 医学院可编程基因组学实验室开发)对 TF-MoDISco 基序分析流程做了自动优化:流程跨进程并行化、numba 内核后台编译重写,聚类/合并/抛光/启动阶段全部重构。在 4972 个真实任务上验证(ISM、DeepLIFT、IG、梯度 × 60 个模型 + 畸形输入),非平凡任务提速 5-15 倍、内存节省 2-3 倍;50000-seqlet 基准从 1745 秒降到 119.1 秒,输出与上游字节级一致(固定 leidenalg 0.11.0)。