tangermeme 用 auto-optimize 提速,1.5 秒完成人类基因组 hg38 全部 455 条 contig 编码

jmschreiber91 · x · 2026-10-11

jmschrei 展示 tangermeme 的又一轮优化:onehotencode 经 auto-optimize 自动搜索出的优化后,几何平均耗时从 0.1204 ms 降到 0.02729 ms,如今编码 hg38 全部 455 条 contig 只需 1.5 秒。优化手法包括缓存 256 字节查找表、跳过预清零数组、长序列每次查表编码两个碱基,并新增 njobs 参数;在 10bp 到 50Mbp 的基准上输出与报错与原版完全一致,1,823 项测试全部通过。作者还指出这些极快的底层函数配合 agentic skills 使用,让智能体能更快完成基因组学任务。