他把 auto-optimize 指向基因工具 tomtom：提速 7.8 倍且输出逐位一致
jmschreiber91 · x · 2026-10-11
作者称最近深入「auto-optimization」——一个加了安全护栏的自动研究循环，几乎指哪打哪都能带来大幅速度/内存提升，认为基因组学生态圈有太多可改进之处。
首个目标 tomtom-lite（本身已比原版 tomtom 快 10-1000 倍）：优化只清理实际读到的行、按查询列分块、同宽查询批量处理等，基准耗时从 5.455 秒降到 0.7004 秒（约 7.8 倍），输出逐位一致。PR 已合并。
所属事件:自动优化循环应用于基因组学工具实现大幅提速(2 条相关)→
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