auto-optimize 再下战果：基因分析工具 fimo 提速约 20 倍且结果完全一致
jmschreiber91 · x · 2026-10-11
jmschrei 继续用 auto-optimize 循环优化生物信息学工具，这次目标是 motif 扫描工具 fimo：通过为每个 motif 建查找表、对预计算序列编码做提前放弃测试，跳过所有不可能达到阈值的窗口，并重写 DataFrame 与 p-value 步骤。
基准耗时从 1.483 秒降到 0.0727 秒（约 20 倍），每个 hit 和 p-value 逐位一致，分数误差在 3.6e-15 以内。该优化已合并进 memesuite-lite 的 main 分支。
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