开源 Genomics MCP 发布:23 个工具让 AI 代理直接读取基因组数据
Fair-Rain3366 · reddit · 2026-09-28
作者发布了 Genomics MCP v0.1.0(MIT 协议),让 MCP 客户端能直接访问基因组档案数据,可通过 Python 或 Docker 本地安装。
- 23 个工具:覆盖 EGA、ENA、ENCODE、GEO、NCBI 数据集发现;支持 BAM/CRAM、VCF/BCF、FASTA、bigWig/bigBed 的有界读取;集成 ClinVar、Ensembl、gnomAD 参考证据
- 亮点演示:用 HTTP range 请求从 1.4 GB 的 ENCODE bigWig 文件中精确取回 1 kb 区间的平均信号值,无需下载整个文件
- 结果带来源溯源、读取上限与部分错误信息,目标是让研究型 AI 代理检查真实数据并保证可复现性
- 实现用 Claude Code 完成,经独立代码审查、与 samtools/bcftools 对比验证及实测
该版本只做数据访问层,不调用变异、不做临床决策;EGA 受控数据仍需授权。
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