T-REX：用 LLM 智能体编排去 novo 蛋白质结合剂设计的开源控制器
ArashVahdat · x · 2026-09-25
斯坦福 ml-struct-bio 团队（Minkyu Jeon 一作，Arash Vahdat 转发关注）发布首篇蛋白质设计论文 T-REX（Target-adaptive Rescue-Explore-eXploit），一个面向高通量 de novo 蛋白质结合剂设计的智能体编排控制器，已开源并放出预印本。
核心思路：
- 把蛋白质设计建模为在线分配问题：在异构工具（Proteina-complexa、Boltzgen、Bindcraft 等）之间动态决定跑哪个工具、用什么设置；
- 用 Planner 和 Supervisor 两层 LLM 智能体提出并优先排序任务，确定性代码负责校验任务并管理生成、重设计与评估，保证可靠性的同时高效榨干 GPU；
- 设计了细粒度智能体分类系统：Rescue 🛟 / Explore 🔎 / eXploit 🚀 三种角色分工；
- 用户只需四个选择：目标蛋白、单节点 GPU 数量、战役时长和输出目录，随后 trex setup -> init -> check -> submit 即可运行；
- 验证环境为 Linux x8664 + NVIDIA H100，依赖 Slurm。
这是「LLM agent 当科研实验指挥官」路线在 AI4Science 的扎实落地案例。
所属事件:斯坦福发布 T-REX：LLM 智能体编排从头蛋白结合剂设计(2 条相关)→
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