NVIDIA BioNeMo 让蛋白质结构预测吞吐提升 2.9 倍
AllThingsApx · x · 2026-09-24
NVIDIA 发布技术博客介绍 BioNeMo Inference Runtime（BioIR）：在保持 PyTorch 工作流的前提下加速生物分子结构预测模型。
- 基准成绩：在 8×H100 上跑 1000 个人类二聚体目标，BioIR 加速的 Boltz-2 达到每 GPU 小时 58.5K 成功折叠残基，对比 torch-compile 开源实现的 20.2K，残基归一化吞吐提升 2.90 倍。
- 三层优化：kernel 选择、CUDA Graph 捕获的模块优化、以及基于 Ray 的流水线扩展（每块 GPU 放一个完整模型副本，让 CPU 阶段与 GPU 折叠重叠执行）。
- 能耗对比：按额定功率折算，折叠 100 万个目标约耗电 11 MWh，公开实现需 35 MWh。
- 端到端流水线覆盖解析、tokenization、特征生成、GPU 推理与 PDB/mmCIF 输出，也支持直接以 PyTorch 模块集成。代码已开源。
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