NVIDIA 开源 BioNeMo 推理运行时,蛋白结构预测吞吐提升 2.9 倍
AllThingsApx · x · 2026-09-11
NVIDIA 宣布 BioNeMo Inference Runtime 开启公开测试,这是一个 PyTorch 原生的开源库,可在 NVIDIA GPU 上加速生物分子结构预测推理。
- 优化对象:通过专用计算内核与 CUDA Graphs,加速 Boltz-2、OpenFold2、Protenix v2 等结构预测模型,并可用 Ray 在多 GPU 上做模型副本扩展。
- 实测数据:在 8xH100 上对 1000 个人类二聚体目标的基准测试中,加速后的 Boltz-2 达到每 GPU 小时 58.5K 成功折叠残基,对比 torch-compile 开源实现的 20.2K,残基归一化吞吐提升 2.90 倍;折叠 100 万目标能耗约 11 MWh,对比 35 MWh。
- 三层优化:内核选择、CUDA Graph 模块优化、Ray 副本流水线扩展,分别针对不同瓶颈。
- 合作伙伴包括 SandboxAQ、Xaira Therapeutics、Latent Labs、Washington 大学蛋白设计团队等。
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