NVIDIA 发布 BioNeMo 推理运行时:生物结构预测吞吐最高提升 2.9 倍
AllThingsApx · x · 2026-09-11
NVIDIA Health 发布 BioNeMo Inference Runtime(BioIR),在保留 PyTorch 工作流的前提下加速生物分子结构预测模型。
技术要点:
- 提供端到端 processor:解析、tokenization、特征生成、GPU 推理、PDB/mmCIF 输出,也支持直接以 PyTorch 模块形式集成
- 三层优化:内核选择、CUDA Graph 捕获的模块优化、Ray 多副本的 pipeline 扩展
- 基准:8xH100 上对 1000 个人类二聚体目标,BioIR 加速的 Boltz-2 达到每 GPU 小时 58.5K 个成功折叠残基,对比 torch 编译的开源实现 20.2K,提升 2.90 倍
- 能耗:折叠 100 万个同规模目标约需 11 MWh,对比公开实现的 35 MWh
生产反馈:生物公司 Proxima 在蒸馏与 refolding pipeline 中实测,H100 上获得 1.6–1.9 倍吞吐提升,短输入最高 3 倍;一个编码 agent 借助 BioNeMo agent skill 一次接入成功,尽管其架构与参考模型差异很大。
所属事件:NVIDIA 开源 BioNeMo 推理运行时，蛋白结构预测提速近 3 倍(19 条相关)→
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