NVIDIA BioNeMo 新内核实测:三角注意力最高提速 7.1 倍,药企一天完成接入
AllThingsApx · x · 2026-09-11
Terray Therapeutics 在其结合亲和力与结构预测模型 TerraBind 的生产架构上,基准测试了 NVIDIA 新发布的 BioNeMo Inference Runtime 内核(CuTeDSL)。
结果:
- 该模型的核心成本来自 O(n³) 的三角注意力(triangle attention)运算
- 在 H100 GPU 上,新内核比标准 PyTorch attention 快至多 7.1 倍,比 Terray 现有的 cuEquivariance 优化内核栈还快至多 1.8 倍
- 在对蛋白-配体复合物最关键的大 crop 尺寸下,优势进一步扩大
- 集成简单:拿到访问权限一天内就完成内核运行与基准测试,只需模块级替换,无需重写 pipeline
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