NVIDIA BioNeMo 推理 Runtime 公测,Boltz-2 吞吐提升近 3 倍
AllThingsApx · x · 2026-09-10
NVIDIA 推出 BioNeMo Inference Runtime 公开测试版，一个开源、PyTorch 原生的库，用于在 NVIDIA GPU 上加速生物分子结构预测推理。
要点：
- 提供 end-to-end 处理管线：解析、tokenization、特征生成、GPU 推理到 PDB/mmCIF 输出，也可作为 PyTorch 模块直接集成。
- 优化分三层：kernel 选择、CUDA Graph 捕获的模块优化、基于 Ray 的多 GPU 副本流水线扩展。
- 在 8xH100 上对 1000 个人源二聚体靶点的对等基准中，加速版 Boltz-2 达到每 GPU 小时 58.5K 成功折叠残基，对比 torch.compile 开源实现的 20.2K，残基归一化吞吐提升 2.90 倍。
- 能耗方面，折叠 100 万个可比靶点估算能耗 BioIR 为 11 MWh，公开实现为 35 MWh。
- 支持 Boltz-2、OpenFold2、Protenix v2 等模型，合作方包括 apheris、SandboxAQ、Xaira 等多家机构。
所属事件:NVIDIA 开源 BioNeMo 推理运行时，蛋白结构预测提速近 3 倍(19 条相关)→
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