GPN-Star 预计算人类基因组及五种模式生物全部 SNV 变异效应分数
anshulkundaje · x · 2026-09-10
Song Lab(UC Berkeley)在 Hugging Face 上发布了 GPN-Star 模型的预计算预测分数,覆盖人类基因组(hg38)以及小鼠、鸡、果蝇、线虫和拟南芥五种模式生物的所有可能单核苷酸变异(SNV)。
- 数据规模巨大:主子集 gpn-star-hg38-m447-200m-llr 含 88 亿行,另有 entropy 与 llr 校准分数等多种版本,总量在 100 亿行级别
- 字段包括染色体、位置、参考/替代碱基及校准后的对数似然比(llrcalibrated)
- 以 Parquet 格式分发,Apache-2.0 许可,可直接用 Dask/Polars 加载,方便大规模变异效应筛选
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