Vilya-1提升大环分子构象预测
DaveJuergens · x · 2026-07-18
Vilya-1 是一个面向**大环分子（macrocycle）构象预测与设计**的全原子扩散式基础模型，目标是解决药物发现里一个核心瓶颈：在多种可合成化学空间中稳定采样生物相关的低能构象，而不局限于标准肽类。 作者报告，在 66 个环肽 X-ray 结构上，Vilya-1 生成近天然环构象（ring RMSD < 1 Å）的成功率达到 **89.2%**，明显高于 Prime-MCS、RDKit ETKDGv3、Boltz-2/RF3 以及若干深度学习构象生成器。 模型还能泛化到多种大环类型与拓扑，包括： - 二硫键环肽 - sidechain-to-sidechain 环化 - tail-to-sidechain 环化 - 非肽类大环，如大环内酯/聚酮类 帖子还提到示例分子包括 FK506 等。