用流形与SDE重新定义表观遗传时钟

anshulkundaje · x · 2026-07-10

传统表观遗传时钟通常将衰老视为静态回归问题来预测生物学年龄。这篇论文将其重新构建为轨迹推断问题：使用变分自编码器（VAE）将 CpG 配置文件映射到按时间顺序排列的潜在流形上，随后利用随机微分方程（SDE）的速度场来模拟个体甲基化图谱的连续演化过程。该方法仅需横截面数据即可完成分析。